只需要稽察一下这个Seurat对象结构

天然咱们一再强调：假如你不可爱最新版的Seurat包的单细胞理念，环球十足是不错选拔左迁这个Seurat。主如果因为好多入门者拿到了大王人的基于V4版块Seurat的教程会兄弟无措，其实很容易移动。是以咱们也在学员们的催促下转向了Seurat的V5版块，详见：从零运行成立R编程言语软件环境，何况广西南宁森兰地贸易有限公司是在视频号有直播回放，详见：

天然说咱们装配了Seurat的V5版块，可是首次使用的时候加载就报错了，如下所示：

The sp package is now running under evolution status 2     (status 2 uses the sf package in place of rgdal)Error: package or namespace load failed for 'SeuratObject’ in loadNamespace(j <- i[[1L]]， c(lib.loc， .libPaths())， versionCheck = vI[[j]]): 载入了名字空间'Matrix’ 1.6-1，但需要的是>= 1.6.3造作: 无法载入程辑包'SeuratObject’

很彰着是Matrix版块问题，只需要卸载它后，更新一下即可，如下所示：

> remove.packages("Matrix")从'C:/Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3’中删除体式包(因为莫得指定'lib’)> install.packages('Matrix')将体式包装配入'C:/Users/jimmy/AppData/Local/R/win-library/4.3’(因为'lib’莫得被指定)试开URL’https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.3/Matrix_1.6-4.zip'Content type 'application/zip' length 4562987 bytes (4.4 MB)downloaded 4.4 MB

接下来咱们就读取10X文献的3个圭臬文献，从化市垂会棉类有限公司使用如下所示的例子， 克山县利南食用油有限公司环球不错去我方下载 （2023-GSE202642-肝癌-成纤维单细胞亚群），著述标题是：《CD36+ cancer-associated fibroblasts provide immunosuppressive microenvironment for hepatocellular carcinoma via secretion of macrophage migration inhibitory factor》，内部的降维聚类分群如下所示：

图片

GSE202642

在  https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE202642 不错看到作家给出来的3个文献的抒发量矩阵：

GSE202642_barcodes.tsv.gz 569.6 Kb (ftp)(http) TSVGSE202642_features.tsv.gz 325.6 Kb (ftp)(http) TSVGSE202642_matrix.mtx.gz 666.5 Mb (ftp)(http) MTX

如下所示：

图片

3个文献的抒发量矩阵：

这个时候使用Seurat的V5版块和之前Seurat的V4版块读取阵势并莫得本质上分别，王人是：

sce.all=CreateSeuratObject(counts =  Read10X( 'GSE202642/' ) ，广西南宁森兰地贸易有限公司                        min.cells = 5，                       min.features = 300，)library(stringr)sce=sce.allhead(rownames(sce@meta.data))phe=str_split(rownames(sce@meta.data)，'-'，simplify = T)head(phe)tail(phe)table(phe[，2])sce@meta.data$orig.ident=paste0('p'，phe[，2])table(sce@meta.data$orig.ident)

读取之后我就浅易的查验一下这个Seurat对象内部的信息，然后碰到第一个报错

广东顺强陶瓷有限公司

> as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10， 1:2])Error in as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10， 1:2]) :   "counts"槽名不存在于"Assay5"类别对象中

其实是很浅易的debug，只需要稽察一下这个Seurat对象结构，就知谈了：

as.data.frame(sce.all@assays$RNA@counts[1:10， 1:2])# 上头的造作# 不错修改为底下的两种as.data.frame(sce.all@assays$RNA@layers$counts[1:10， 1:2])as.data.frame(sce.all@assays$RNA$counts[1:10， 1:2])

果真搞不懂，为什么这样浅易的bug就让环球烧毁了Seurat的V5，几乎是滑世界之大稽。这样多东谈主学了这样久的R代码就之后照抄我的案例代码吗，不会活学活用吗？

何况，这个bug根柢就并不会影响所有这个词这个词Seurat数据分析经过啊， 降维聚类分群仍然是ok的。

本站仅提供存储就业，所有这个词内容均由用户发布，如发现存害或侵权内容，请点击举报。

• 这个
• 需要
• 以下
• 基差
• 广西南宁森兰地贸易有限公司